Kohalike maapõueressursside valdkonna eesmärgiks on maapõues olevatele materjalidele kõrgema väärtuse loomine sise- ja eksporditurgudel arvestades kestliku arengu reegleid ja elurikkuse säilitamise vajadust. Valdkonnas on prioriteetsed teadus- ja arendustegevuse ning innovatsiooni suunad fosforiidi leviku uuringud ja innovaatiliste ümbertöötlemise tehnoloogiate arendamine, Eesti metallimaakide leviku ja majandusliku potentsiaali väljaselgitamine, geotermaalenergia kasutusvõimaluste väljaselgitamine, ehitusmaavarade ning mineraalsete kaevandus- ja tööstusjäätmete taaskasutus ning väärindamine teisese toormena ning innovaatiliste ümbertöötlemise tehnoloogiate arendamine, põlevkivi väärindamine keemiatööstuse toorainena, turba füüsikalis- keemiline väärindamine ning põhjavee leviku, omaduste ja varude uuringud ning kasutusvõimaluste väljaselgitamine ettevõtluse arendamiseks.